A Bacia Hidrográfica do Rio Piratinim abrange total ou parcialmente 16 municípios do Rio Grande do Sul:
Bossoroca
Capão do Cipó
Dezesseis de Novembro
Entre-Ijuís
Eugênio de Castro
Garruchos
Jóia
Pirapó
Rolador
Santiago
Santo Antônio das Missões
São Borja
São Luiz Gonzaga
São Miguel das Missões
São Nicolau
Tupanciretã
